Шифра предмета:
451B2		 Назив предмета:
Биоинформатика

Школска година:

2024/2025.

Услови похађања:

Нема услова.

ЕСПБ:

4

Врста студија:

мастер академске студије

Студијски програм:

Биохемија: 1. година, зимски семестар, обавезни, теоријско-методолошки предмет

Наставници:

др Марија Ђ. Гавровић Јанкуловић
редовни професор, Хемијски факултет, Студентски трг 12-16, Београд

др Радивоје М. Продановић
редовни професор, Хемијски факултет, Студентски трг 12-16, Београд

Сарадник:

Милена О. Златанова, мастер биохемичар
истраживач-сарадник, Хемијски факултет, Студентски трг 12-16, Београд

Фонд часова:

Недељно: један час предавања + три часа теоријских вежби (1+3+0)

Циљеви:

Упознати студенте са применом биоинформатичких алата и методе за анализу структуре протеина и секвенце гена. Обучавање студената за коришћење компјутерских програма и интернет сервиса који се користе у решавању проблема у биохемији и биотехнологији.

Исход:

Студент је оспособљен да примењује биоинформатичке алате и методе за анализу структуре протеина и секвенце гена, као и да их користи у решавању проблема у биохемији и биотехнологији.

Облици наставе:

Предавања, теоријске вежбе, семинарски радови.

Ваннаставне активности:

—

Литература:

Основна литература:

  • Andreas D. Baxevanis, B. F. Francis Ouellette: Bioinformatics - A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins, John Wiley and Sons, 2001.

Помоћна литература:

  1. Current Protocols in Bioinformatics, John Wiley and Sons, 2007.
  2. Arthur M. Lesk: Introducion to Bioinformatics, Oxford University Press, 2002.
  3. Jonathan Pevsner: Bioinformatics and Functional Genomics, John Wiley and Sons, 2003.

Додатни материјал:

—

  Наставне обавезе и начин оцењивања

Предавања:

10 поена (1 час недељно)

Програм рада:

  • Биоинформатика и Интернет.
  • НЦБИ модел података.
  • Банка података секвенци гена.
  • Банка података структуре протеина.
  • Банка података мапа гена у геному.
  • Екстракција информација из банки података коришћењем ЕНТРЕЗ система.
  • Претраживање банке података и поређење секвенци.
  • Креирање и анализа вишеструког поређења секвенци протеина.
  • Предвиђање структуре гена на основу секвенце ДНК.
  • Предвиђање структуре протеина на основу секвенце протеина.
  • Употреба цДНК секвенци (ЕСТ) за откривање протеин кодирајућих ДНК секвенци.
  • Мапа људског генома.
  • Компаративна анализа генома.
  • Филогенетска анализа.

Теоријске вежбе:

10 поена (3 часа недељно)

Програм рада:

  • Претраживање информација на Интернету.
  • НЦБИ модел података - примери.
  • Претраживање секвенци гена - примери.
  • Претраживање секвенци протеина - примери.
  • Практична употреба интернет ресурса за мапирање генома - примери.
  • Постављање питања ENTREZ систему - примери.
  • Употреба FASTA програма за поређење секвенци протеина.
  • Употреба BLAST програма за поређење секвенци протеина.
  • Употреба CLUSTAL V и PSI-BLAST програма за предвиђање функције протеина на основу вишеструког поређења секвенци протеина.
  • Употреба помоћних програма (ALSKRIPT, AMAS, Jal View) приликом вишеструког поређења секвенци протеина.
  • Проналажење протеин кодирајућих ДНК секвенци коришћењем GENESKAN и MZEF програма.
  • Предвиђање физичко-хемијских особина протеина коришћењем ExPASy система (Пи вредности, молекулске масе, пептидних мапа, хидрофобности).
  • Предвићање секундарне структуре протеина коришћењем програма PREDATOR, SOPMA, PSIPRED и COILS.
  • Филогенетска анализа коришћењем програмског пакета PHILIP и интернет сервиса PhiloBLAST.
  • Употреба компјутерских програма (Vector NTI) у дизајну ПЦР прајмера, рестрикционој анализи и клонирању ДНК.

Семинарски радови:

20 поена

Писмени испит:

60 поена